در دوران قاجار مهم ترين عهدنامه‌ای كه با يكی از همسايگان يعنی روسيه منعقد شد استقلال گمركی ايران را خدشه‌دار نمود و علت اين قرارداد جنگی بود كه ما بين ايران و روسيه درگرفت و در تاريخ 29 شوال 1228 مطابق با اكتبر 1813 در قريه گلستان عهدنامه صلح امضاء شد. در فصل نهم عهدنامه مذكور مقرر گرديده كه از مال‌التجاره مملكتين صدی پنج قيمت مال التجاره اخذ گردد. اين تعهد اگر چه اختيار دولت ايران را در تغيير و تبديل ميزان حقوق گمركی واردات و صادرات سلب می نمود ولی تا حدودی می توان به اين موضوع كه اين قرارداد حالت دو جانبه داشته است اميدوار بود، چون ازدياد حقوق گمركی از طرف روسيه لازمه‌اش جلب رضايت دولت ايران بوده است و از طرف ديگر بدون اطلاع دولت ايران كم و اضافه كردن حقوق و تعرفه‌های گمركی باعث بی اثر شدن مفاد اين عهدنامه می گرديده است، ولی از ضربه‌‌ زدن های اين عهدنامه نمی توان به هيچ عنوان چشم پوشيد مثلا اخذ صدی پنج از مال التجاره در مورد تمام كالاها يكسان بوده و خود يک عامل در جهت اعمال نابرابری كالاهای وارداتی و صادراتی می باشد زيرا برای كالاهای ضروری و تجملاتی هيچ گونه حد و مرزی مشخص نشده بود و هر دو تابع اين قانون می شده‌اند.

در سال 1238 پس از 10 سال، عهدنامه جدیدی بین ایران و عثمانی بسته شد که ماده دوم آن از این قرار بود که از مال التجاره این دو کشور چیزی بیش از حقوق گمرکی طلب نشود. در سال 1243 نیز مجددا بین دو کشور روس و ایران عهدنامه ای منعقد که براساس فصل سوم آن باید حق گمرک از مال التجاره برابر 5 درصد دریافت می شد. سه سال بعد، فتحعلی شاه فرمانی صادر کرد که مضمون آن از این قرار بود: “در زمان وارد و صادر کردن مال التجاره، از تمام سرحدهای مملکت، حق گمرک برابر پنج درصد کالای تجارتی می باشد.” این فرمان، اولین فرمان در مورد حق گمرک است که در دوره قاجار صادر شد. در گمرک ایران در سال 1315، سه فرد بلژیکی از جمله ژوزف نوز، به خدمت دعوت شدند. وی توانست در عرض دو سال رسم اجاره گمرک را به طور کامل براندازد و در سال 1318 توانست به فرمان شاه، عوارض داخلی را ملغی نماید. در همین زمان نوز در اداره گمرک تشکیلات جدیدی را ایجاد کرد و وزیر پست شد.

همانطور که گفته شد از گذشته های بسیار دور در کشور ایران گمرک و تشکیلات مربوط به آن وجود داشته است. در دوره قاجار و صفویه، صورت حساب های اداره گمرک به صورت دو نسخه به اداره مالیه تحویل داده می شد. در زمان ناصر الدین شاه نیز برای اداره گمرک نیز مانند سایر ادارات، وزیر انتخاب شد. در این زمان رئیس اداره گمرک به عنوان وزیر گمرک منصب شد. پس از اعلان مشروطیت، اداره گمرک جز مالیه قرار گرفت و آخرین وزیر گمرک در ایران، ژوزف نوز بود. نوز رئیس مستشاران بلژیکی بود که به مرور اداره گمرک را توسعه داد و به طور بسیار شایسته ای اقدام به اداره گمرکات ایران نمود. وی و همکاران بلژیکی اش در حدود 36 سال در ایران و در اداره گمرک خدمت نمودند و در مدت این 36 سال به منظور وصول حقوق و اخذ عوارض گمرکی، سه تعرفه تنظیم و به اجرا در آمد.

پس از اتمام خدمت این افراد، اداره گمرک به ماموران ایرانی واگذار شد. از آن زمان به بعد چندین بار تعرفه گمرک بسته به شرایط اقتصادی کشور و سیاست های مالی دولت تغییر پیدا کرد. تعرفه 1216 در سال 1315 به اجرا در آمد و تا پنج سال منبعی برای اخذ گمرک به شمار می رفت. پس از آن در سال 1320 یک تعرفه مفصل در 22 فصل و 2204 ردیف اجرا شد. نه سال بعد تغییرات و اصلاحاتی در این تعرفه انجام شد و تا سال 1332 نیز همچنان اصلاحاتی صورت می گرفت. در سال 1334 نیز آخرین تعرفه گمرکی این دوره اجرا شد و تا سال 1351 نیز مورد استفاده قرار می گرفت. پس از سال 51 نیز تعرفه ها و قوانین گمرکی بسته به روند اقتصادی، سیاسی و اداری تصویب و اجرا می شوند.

در سال 1350 قانون امور گمركی به تصويب رسيد كه براساس بروكسل تنظيم گرديده و آئين نامه اجرايی آن در سال 1351 به تصويب رسيد.

در سال های بعد از 1351 براساس نياز به سازگاری مواد و مفاد قانون امور گمركی و آیين نامه اجرايی كه با روند اقتصادی، اداری و سياسی كشور اصلاحاتی به شرح موجود در قانون امور گمركی و آیین نامه اجرايی آن به عمل آمد كه اين اصلاحات به صورت زيرنويس در صفحات مرتبط به مواد اصلاح شده درج و به چاپ رسيده است.